À la géographie du spirituel constituée par les églises se superpose celle des établissements monastiques. Les plus importants dans notre département ont été l'abbaye de Saint-Denis, l'abbaye Notre-Dame de Livry, fondée en 1186 et le prieuré Saint-Jean-Baptiste à Gournay-sur-Marne. Ces deux derniers ont été détruits. En revanche, l'abbaye royale de Saint-Denis perdure, même si ses bâtiments ont été successivement reconstruits pas différents architectes.
L'abbaye royale de Saint-Denis est fondée au milieu du VIIe siècle sous le règne de la reine Bathilde. Une première communauté religieuse s'y installe à côté de la Basilique cathédrale. Sous les Carolingiens, le rôle de l'abbaye s'affirme mais c'est l'abbé Suger qui fait entreprendre les grands chantiers d'aménagement. L'abbaye est entièrement reconstruite au XIIIe siècle et conservera son architecture médiévale jusqu'au début du XVIIIe siècle. Robert de Cotte (1656-1735) l'architecte de la chapelle Saint-Louis à Versailles, est chargé de la reconstruction des bâtiments monastiques. Commencent alors des travaux, exécutés par différents architectes, qui ne cesseront plus jusqu'au règne de Louis XVI. Les travaux conduits par Robert de Cotte transforment complètement l'abbaye. Les bâtiments claustraux sont démolis et remplacés par les constructions de facture classique que l'on peut admirer aujourd'hui.
Rompant la monotonie de l'ensemble, la façade occidentale est coupée en son milieu par un avant-corps à pan coupé dessiné par Jacques Gabriel (1698-1782), l'architecte du roi. Au XVIIIe siècle, le bâtiment accueille la bibliothèque, les archives et les salles d'apparat telles que la salle des princes de Sang, la salle des Dames et la salle des Grands Hommes située au premier étage de l'avant-corps. L'ampleur et la magnificence de cette aile permettent de loger la famille royale lors des cérémonies funèbres. La réalisation de la cour d'honneur, avec sa belle entrée en hémicycle et dessinée par Charles de Wailly (1730-1798), constitue l'une des dernières phases des travaux en 1781. Il existe un dialogue évident entre l'architecture de la Basilique cathédrale de Saint-Denis et son abbaye.
Le cloître, cœur de l'abbaye, constitue le carrefour de la clôture. C'est un espace carré, réservé à la méditation des moines et aux processions, entourant le jardin qui représente la Jérusalem céleste. Les quatre galeries du cloître ouvrent sur ce jardin intérieur par des arcades cintrées, fermées depuis 1816. Ces galeries, décorées de pilastres doriques, sont couvertes de voûtes en plein cintre et dotées d'arcs-doubleaux. Dans la galerie nord, longeant la Basilique cathédrale, une double porte ouvre vers le portail sud de l'église abbatiale. Le vestibule d'accueil, aménagé entre 1737 et 1754, se trouve au rez-de-chaussée de l'avant-corps de la façade ouest de l'abbaye. De plan octogonal, il a conservé son décor néo-classique avec colonnes doriques encadrant niches, fenêtres et portes d'accès aux salles royales et à l'ancien cloître. Transformé aujourd'hui en parloir pour les élèves de la Maison d'éducation de la Légion d'honneur et leurs familles, il conserve sa spécificité monastique de lien entre le monde extérieur et la vie intérieure de la Maison d'éducation de la Légion d'honneur.
Une grande campagne de travaux accompagne l'abbaye tout au long du Siècle des Lumières, transformant profondément l'ancien bâtiment gothique. La mode du néo-classique contribue à détruire les décors médiévaux. Si certaines destructions sont regrettables, le néo-classicisme permet la construction d'un nouveau monastère plus moderne. Les moines bénédictins de l'abbaye participent à ces rénovations. Le frère Denis, ferronnier de son état, réalise un important travail de ferronnerie avec l'exécution des grilles du chœur de la Basilique cathédrale, de la grille de clôture du cloître et des rampes des escaliers monumentaux dessinés par Robert Cotte.
En 1790, lorsque l'Assemblée constituante supprime les ordres religieux, l'abbaye est fermée et l'église abbatiale transformée en temple de la Raison. Des dégâts importants y sont perpétrés. L'archéologue Alexandre Lenoir (1761-1839) réussit à sauver la vasque du cloître et l'expose dans son musée des Monuments français installé dans le couvent des Petits Augustins à Paris. Cette vasque est particulièrement impressionnante puisqu'elle mesure près de quatre mètres de diamètre. Réalisée autour de 1200 en pierre de liais, elle servait pour les ablutions des moines et comme point de ravitaillement en eau. Les orifices répartis sur son pourtour et permettant l'évacuation des eaux sont ornés de dieux antiques ou d'allégories. Après avoir été abritée dans plusieurs lieux, la vasque, dite "fontaine de Saint-Denis" a réintégré le musée lapidaire de la Basilique cathédrale de Saint-Denis.
L'abbé est élu par les moines ce qui lui donne une légitimité face à la communauté religieuse. Lorsque François 1er casse, en 1529, l'élection de Jean Olivier, l'abbaye change de statut et tombe sous l'autorité royale. En 1672, Louis XIV supprime la dignité abbatiale de Saint-Denis. Le roi attribue aux "Dames de Saint-Cyr", l'institution fondée par Madame de Maintenon, la mense de Saint-Denis, c'est-à-dire tous les revenus et privilèges de l'abbaye, y compris l'administration de la ville. Par cette décision, Louis XIV transforme l'abbaye en une œuvre éducative préfigurant la Maison d'éducation actuelle. C'est Napoléon 1er qui, le 16 décembre 1805, décrète l'établissement de Maisons Impériales d'Education pour les filles des Légionnaires civils et militaires. La première de ces maisons est ouverte au château d'Ecouen, deux ans plus tard, et est dirigée par Madame Campam, première Surintendante.
La seconde Surintendante, Madame du Bouzet, soutenue par le comte de Lacepède, premier Grand Chancelier, fait installer la deuxième Maison dans l'abbaye de Saint-Denis en 1811, conformément à un décret national du 25 mars 1809. La troisième sera la Maison des loges à Saint-Germain-en-Laye. Cette mutation du bâtiment abbatial a nécessité des aménagements particuliers. Les dortoirs, la cuisine et le réfectoire n'ont pas changé de destination depuis le temps des moines. En revanche, la salle capitulaire, lieu important de la vie du cloître où les moines se réunissaient est utilisée comme atelier de dessin par les élèves et l'ancienne salle des Gardes du roi a été transformée en chapelle sous Charles X.