Le premier sanctuaire connu de l'actuel territoire d'Aulnay est l'église paroissiale de Savigny, Notre-Dame-de-Savigny, qui sera délaissée au profit de celle d'Aulnay. Bâtie sur les ruines d'un ancien prieuré, l'église Saint-Sulpice à Aulnay-sous-Bois, est édifiée au XIIe siècle par des tailleurs de pierre au service de l'abbaye Bénédictine de Cluny dont dépend la paroisse.
Au XIe siècle, une charte, établie entre 1061 et 1095, mentionne la donation de l'église d'Aulnay, de terres, de la moitié d'un bois et de deux moulins à l'abbaye de Cluny. Le document est signé de la main de Vautier (Gautier), seigneur du lieu, de sa femme Adelina et de leurs deux fils. Radulf (Raoul) de Alneto, le frère de Vautier, confirme cette donation alors que l'abbaye est dirigée par l'abbé Hughes (1049-1109). Vautier et Ranulf sont les deux fils de Pierre d'Aulnai, le premier seigneur connu d'Aulnay-sous-Bois.
Avec l'approbation du roi, Philippe 1er (1053-1108), l'évêque de Paris autorise alors la construction d'une première église. Une partie des matériaux de ce premier bâtiment est réutilisée au XIIe siècle, pour l'édification d'un prieuré en forme de croix latine. Le sanctuaire et le chœur de l'église actuelle datent de cette époque.
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