La première paroisse de Pantin est créée à la suite du passage dans le village de saint Germain (vers 378-448), évêque d'Auxerre. La première véritable église date probablement du XIIe siècle, mais, en 1649, une ordonnance royale la déclare trop endommagée pour permettre d'y exercer le culte. Elle est au centre de l'agréable quartier "Église de Pantin".
En 1662, l'abbé de Richelieu et le curé Guillaume Carrelu s'engagent à reconstruire le chœur à condition que les frais de rénovation de la nef soient financés par la population pantinoise. Le clocher de l'ancien bâtiment est conservé et la première pierre du nouvel édifice est posée en 1664.
Durant les siècles suivants, l'église ne cesse d'être réaménagée. En 1737-1738, la nef est couverte d'une voûte en berceau tandis que Joachim Beausire reconstruit la tour carrée sud, toujours visible aujourd'hui. En 1826, un nommé Villedoc est chargé de « rajouter de l'élégance » à l'église. Il fait entreprendre des travaux de consolidation et ajouter un porche surmonté d'un fronton triangulaire.
Au XXe siècle, l'église menace de s'effondrer car l'instabilité de son sous-sol met en péril les fondations. Saint-Germain-l'Auxerrois est sauvé in extremis de la destruction, décidée en 1976, grâce à son classement à l'inventaire des monuments historiques en 1978.
La restauration de l'Eglise de Pantin est décidée en 2013. Les travaux devraient s'achever en 2019.
L'église possède une huile sur panneau datée du XVIIe siècle, représentant Le Christ et Sainte Madeleine lui lavant et parfumant les pieds au cours d'un repas chez Simon le Pharisien. Cette toile est attribuée à Franck le Vieux, mort en 1616.
Les fonts baptismaux de Saint-Germain-l'Auxerrois sont en marbre. La cuve rouge contraste avec le gris du pied, mettant en valeur la simplicité des formes. Depuis la réhabilitation de l'édifice, les fonts baptismaux reposent sur un socle moderne.
Enfin, une tapisserie, exécutée en 1959 par Plasse Le Gisne d'après un carton de Léon Zack, représente une crucifixion. Dans un style schématique proche de l'abstraction, cette tapisserie est réalisée dans une gamme chromatique tout en camaïeu qui en fait une œuvre contemporaine pas vraiment narrative tout en restant explicite.
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