Vue générale de la nef. Les reconstructions de la partie supérieure du chevet de Suger et du vaisseau ainsi que l'ajout d'un transept ont été lancés et suivis par les abbés Eudes Clément puis Matthieu de Vendôme dès 1231. Les travaux s'échelonnent sur tout le XIIIe siècle. P.Cadet © CMN
Lieu de mémoire, dès le haut Moyen Age, le monastère dionysien a su lier son destin à celui de la royauté s'affirmant peu à peu comme le lieu de sépulture privilégié des dynasties royales à la faveur du culte de saint Denis. Quarante-deux rois, trente-deux reines, soixante-trois princes et princesses, dix grands du royaume y reposèrent. Avec plus de soixante-dix gisants et tombeaux monumentaux, la nécropole royale de la basilique s'impose aujourd'hui comme le plus important ensemble de sculpture funéraire du XII e au XVI e siècle.
Mais la basilique de Saint-Denis n'a pas été dès l'origine de la royauté franque considérée comme le ' cimetière aux rois ', comme l'avait défini un chroniqueur du XIII e siècle. Jusqu'au X e siècle, l'abbaye royale a été en âpre concurrence avec de nombreuses autres nécropoles, notamment Saint-Germain-des-Prés. Lors de l'avènement des Capétiens en 987, le rôle de nécropole royale s'affirme et la plupart des souverains y reposeront jusqu'au XIX e siècle ; même si pour des raisons politiques, religieuses ou personnelles, quelques rois comme Philippe Ier en 1108, Louis VII en 1180, Louis XI en 1483, Charles X en 1836 et Louis-Philippe en 1850 seront inhumés dans d'autres lieux. Louis XVIII, mort en 1824, est le dernier roi à reposer dans la basilique.
Les souverains ont toujours été au cours de l'histoire en quête de légitimité, ce qui explique pour partie leur volonté de reposer auprès des reliques de saint Denis, Rustique et Eleuthère, (tous trois ayant été martyrisés ensemble). Par l'intermédiaire de la puissance des saints martyrs, le roi pensait ainsi acquérir pouvoir et protection pendant sa vie, notamment au cours de ses batailles, et selon la croyance, accéder directement au Paradis.
L'église s'élève sur l'emplacement d'un cimetière gallo-romain, lieu de sépulture de 
Cri de ralliement des chevaliers sur les champs de bataille du XII e et XIII e siècle, inscrit sur la bannière de couleur écarlate parsemée de flammes d'or du fameux oriflamme de Saint-Denis. « Montjoie saint Denis » devient la devise du royaume de France, qui se place ainsi sous la protection du saint tutélaire du royaume : 
La guerre de Cent Ans, les guerres de Religion, les troubles politiques contribuent au déclin de l'abbaye royale de Saint-Denis bien avant que la Révolution ne le précipite. En 1793, les révolutionnaires s'attaquent aux symboles de la monarchie mais la basilique échappe à la destruction totale. En 1806, Napoléon Ier ordonne la restauration du bâtiment. Puis Louis XVIII restitue à l'abbatiale son rôle de nécropole. Les travaux de restauration se poursuivent tout au long du XIX e siècle et sont dirigés par les architectes Debret puis Viollet-le-Duc à partir de 1846.